国家超级计算天津中心实行理事会领导下的主任负责制。理事会由天津市滨海新区、国防科技大学和天津经济技术开发区管委会及所属部门的有关领导组成。理事长由天津市滨海新区和国防科技大学主要负责同志兼任。理事会下设办公室。中心由专家指导委员会、若干个职能部门组成。